Voici la disposition correcte pour que la compilation se passe bien.
<br />
Le programme principal doit se trouver dans le répertoire scr mais le fichier de projet geany (le .geany) doit se trouver dans le répertoire  principal (celui qui contient les répertoires  lib et src).
<br /><br />
Quant aux bibliothèques, il faut en fait les installer dans le système arduino, c'est à dire dans :
<br /><br />
<code>
/usr/share/arduino/libraries
</code> 

<br /><br />
Remarque : Il faut aussi dans le cas de la bibliothèque UTFT la toiletter : il faut supprimer tous les fichiers qui ne concernent pas l'ATmega2560 (ils sont nombreux donnés en exemple) sinon le système Arduino ajoutera et compilera TOUTES les sources qu'il trouvera dans les sous-répertoires de /usr/share/arduino/libraries (merci arduino !!!), même et surtout celles qui ne sont pas invoquées par des #include <xxx.h>,
 ce qui aboutira immanquablement à une palanquée d'erreurs de compilation ! Ce comportement aberrant est toutefois documenté dans la doc Arduino, donc on est au moins prévenu.