J'utilise un modèle de souris avec deux leds IR et deux capteurs IR sur chaque axe (roues codeuses) et pas un seul capteur dont les signaux sont plus difficiles à interpréter (impulsions même en l'absence de rotation.

Avec un double capteur on obtient deux signaux en quadrature de phase, qu'il suffit de mettre en forme avec un trigger de Smith (CD40106) avant de les faire ingurgiter par l'ATmega32.

Et justement les pins d'entrées INT (INT0 et INT1) sont libres dans l'APE2009. Donc du côté logiciel la mise en oeuvre est un jeu d'enfant.
En fait une seule INT suffit: lors du front descendant d'une phase, on teste le niveau (haut ou bas) de l'autre phase pour déterminer le sens de rotation. Voir le code source en C.

Sur la photo on voit une roue dentée en nylon que je vais sertir sur l'axe métallique (un petit bout de tube d'antenne télescopique enfilé en force pour ajuster le diamètre et le tour est joué).