Il y a lieu de configurer correctement les paramètres pour le fichier Gerber avant sa création.
Et avant tout il faut placer le point origine avec la commande "Drill and place Offset" (menu "Place") de Pcbnew.
Pour le cas d'une utilisation avec ma machine de flashage laser (décrite sur ce site) ce point doit être placé dans l'angle au bas à gauche du circuit, de sorte que toutes les coordonnées dans le fichier Gerber soient positives.